Langkah ini diambil Washington untuk menurunkan tensi hubungan dengan sekutu terdekatnya, berkaitan dengan kehadiran militer dalam jumlah besar.
Pasukan yang ditarik dari Okinawa akan ditempatkan di Guam, Hawaii dan Australia.
Pangkalan itu sendiri tengah dalam proses perbaikan dan pemindahan dari lokasi yang cukup sibuk di Okinawa.
Dalam pernyataan bersama di Washington dan Tokyo, kedua belah pihak berkomitmen memindahkan pangkalan dari Futenma ke lokasi tepi pantai.
Kedua pemerintah mengkonfirmasi pandangan mengenai penyelesaian, demikian pernyataan tersebut.
Tidak ada tenggat waktu mengenai penarikan pasukan itu, dalam pernyataan bersama itu disebutkan bahwa relokasi itu akan selesai sesegera mungkin.
Menteri Luar Negeri Jepang Koichiro Gemba mengatakan kesepakatan itu diperlukan untuk merefleksikan realitas regional.
"Perubahan lingkungan keamanan tidak akan menunggu kita siap. Jepang dan Amerika Serikat harus meneruskan tanggungjawab dan mengerjakan apa yang telah direncanakan dengan cepat," kata Gemba kepada wartawan di Tokyo.
Pernyataan itu muncul ditengah muncul kekhawatiran mengenai kemajuan China.
Kesepakatan penarikan tentara terjadi setelah Perdana Menteri Yoshihiko Noda berkunjung ke Washington.
Noda bertemu dengan Presiden Barack Obama, dan kedua belah pihak berharap persekutuan mereka tetap berjalan seperti yang seharusnya.
Jepang dan Amerika Serikat telah sejak absolutist memiliki tensi mengenai kehadiran tentara di Okinawa.
Setengah dari 47 ribu tentara Amerika Serikat yang ditempatkan di Jepang, berada di pulau ini, yang lokasinya strategis, karena lebih dekat dengan Taiwan daripada Tokyo.(Afp/col)